Η Εταιρεία ΦΟΔΣΑ Ν. ΑΙΓΑΙΟΥ Α.Ε οργανώνεται σε διοικητικές ενότητες (Διευθύνσεις, Τμήματα, Γραφεία) στις οποίες εντάσσεται το προσωπικό της.
Η Γενική Διεύθυνση συγκροτείται από τις εξής διοικητικές ενότητες: 1. Διεύθυνση Οικονομικών και Διοικητικών Υπηρεσιών 2. Διεύθυνση Τεχνικών Υπηρεσιών 3. Διεύθυνση Έργων και Δραστηριοτήτων Διαχείρισης Αποβλήτων
Στο Γενικό Διευθυντή της Εταιρείας και στο Διοικητικό Συμβούλιο υπάγονται ο Νομικός Σύμβουλος, το Γραφείο Τύπου – Προβολής – Ενημέρωσης & Ευαισθητοποίησης και η Γραμματεία Διεύθυνσης.