Η Εταιρεία διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο που ενεργεί σύμφωνα με τις διατάξεις του νόμου, του παρόντος Καταστατικού και τις αποφάσεις της Γενικής Συνέλευσης. Το Διοικητικό Συμβούλιο απαρτίζεται από επτά (7) τακτικά μέλη με δικαίωμα ψήφου. Ειδικότερα, αποτελείται από τον Περιφερειάρχη ως Πρόεδρο ή από τον Αντιπεριφερειάρχη που ορίζεται από τον Περιφερειάρχη, από δύο (2) μέλη του Περιφερειακού Συμβουλίου και από τέσσερα (4) μέλη που εκλέγονται από τους εκπροσώπους των Δήμων που συμμετέχουν στη Γενική Συνέλευση.
Τo Διοικητικό Συμβούλιο του Ειδικού Περιφερειακού Διαβαθμιδικού ΦΟΔΣΑ Νοτίου Αιγαίου Α.Ε αποτελείται από τους:
Γεώργιος Χατζημάρκος, Περιφερειάρχης Νοτίου Αιγαίου, Πρόεδρος ΔΣ
Αντώνιος Καμπουράκης, Δήμαρχος Ρόδου, Αντιπρόεδρος ΔΣ
Αντώνιος Σιγάλας, Δήμαρχος Θήρας, Γραμματέας ΔΣ
Χρήστος Ευστρατίου, Αντιπεριφερειάρχης Δωδεκανήσου, Μέλος ΔΣ
Γεώργιος Λεονταρίτης, Αντιπεριφερειάρχης Κυκλάδων, Μέλος ΔΣ
Θεοδόσιος Νικηταράς, Δήμαρχος Κω, Μέλος ΔΣ
Δημήτριος Λιανός, Δήμαρχος Νάξου και Μικρών Κυκλάδων, Μέλος ΔΣ
Το Διοικητικό Συμβούλιο είναι αρμόδιο για την διοίκηση και εκπροσώπηση της εταιρείας, τη διαχείριση της περιουσίας της και την εν γένει επιδίωξη του σκοπού της. Αποφασίζει, ενεργεί και δεσμεύει την Εταιρεία για όλα γενικά τα ζητήματα που αφορούν την εταιρεία, μέσα στα πλαίσια του εταιρικού σκοπού, με εξαίρεση εκείνα που σύμφωνα με το νόμο ή το καταστατικό ανήκουν στην αποκλειστική αρμοδιότητα της Γενικής Συνέλευσης.
Η θητεία του Διοικητικού Συμβουλίου ακολουθεί χρονικά τη θητεία των αιρετών που προέρχονται από τους ΟΤΑ μετόχους και παρατείνεται αυτόματα μέχρι την πρώτη τακτική Γενική Συνέλευση μετά τη λήξη της θητείας τους, η οποία όμως δεν μπορεί να περάσει την πενταετία.
